Upravljanje laserskega varilnega stroja na splošno vključuje naslednje osnovne korake: operaterji morajo opraviti usposabljanje in se seznaniti s postopki delovanja opreme. Pripravljalna dela vključujejo preverjanje, ali vsi sistemi opreme, kot so hlajenje, oskrba s plinom in optične poti, delujejo pravilno, in konfiguracijo parametrov (kot so moč laserja, hitrost varjenja in frekvenca impulzov) glede na vrsto in debelino materialov, ki jih je treba variti. Nato so obdelovanci natančno nameščeni in vpeti v vpenjalo. Ko se oprema zažene, se varilni program izvaja preko krmilnega sistema za izvedbo vara. Po varjenju je zvar podvržen vizualnemu pregledu ali potrebnemu neporušitvenemu testiranju za oceno kakovosti zvara.
Pri uporabi laserske opreme je varnost najpomembnejša. Velika prednostna naloga je laserska varnostna zaščita, saj lahko visoko zmogljivi laserji povzročijo resne in nepopravljive poškodbe človeških oči in kože. Operaterji morajo nositi zaščitna očala, posebej oblikovana za valovno dolžino laserja. Na delovnem območju morajo biti prikazani jasni opozorilni znaki, kadar koli je to mogoče, pa je treba uporabiti zaščitna ohišja, da preprečite nenamerno uhajanje laserja. Pozornost je treba posvetiti tudi električni varnosti – zagotavljanju zanesljive ozemljitve opreme – in požarni varnosti, saj lahko laserske iskre vnamejo bližnje gorljive materiale. Nazadnje, delovno mesto mora biti dobro prezračeno, da se prepreči kopičenje kovinskih hlapov in prahu, ki nastanejo med varjenjem.
